Ante esta situación, la Universidad Católica de Cuenca fundó en 2003 la Facultad de Medicina, con la visión de mejorar la atención de salud en la región. En 2012, la universidad decidió construir un hospital para cubrir la escasez de camas y servicios médicos especializados. El proyecto inicial, denominado Hospital Sagrado Corazón, contemplaba 40 camas y fue diseñado por el arquitecto Fabián Mogrovejo, con la colaboración de estudiantes de arquitectura y médicos de la facultad.